Dans une cabine du mur Rose, le top 10 et Armin sont surpris par leur inclusion dans l’escouade Levi. Eren doit effectuer des tests sous la forme de Titan, mais ne parvient pas à endurcir son corps. Hange apporte la nouvelle de la mort du pasteur Nick aux mains des députés de l’intérieur. Le bataillon d’exploration s’enfuient alors à Trost après avoir eu des nouvelles d’Erwin.
Le gouvernement s’oppose au régiment du bataillon d’exploration, exigeant la garde d’Eren et d’Historia. Levi met en place une stratégie de leurre pour que Jean et Armin soient enlevés à la place des cibles. Mikasa soumet les ravisseurs pendant que Levi surveille le corbillard d’Eren. Alors qu’il regarde, Levi est pris en embuscade par un vieil adversaire,Kenny,et son équipe.
Levi se bat pour sortir de l’embuscade de Kenny, dont les subordonnés ont pris le contrôle de l’attelage qui retient Eren et Historia. Il est rejoint par le reste de son équipe pour tenter de sauver Eren et Historia, mais ils sont finalement contraints de battre en retraite.
Par la suite, Levi convainc Dimo Reeves de travailler pour le régiment du bataillon d’exploration. Reeves attire deux membres de l’escouade de l’Intérieur dans un piège tendu par l’escouade de Levi, et ils révèlent lors d’un interrogatoire que la famille Reiss est la vraie famille royale. Kenny tue Dimo Reeves pour sa trahison, tandis que Rod Reiss retrouve sa fille, Historia.
Historia raconte comment elle a grandi dans une ferme, enfant non désiré, avec une mère éloignée. Elle a vu son père, Rod Reiss, pour la première fois lorsqu’il est venu la voir après la chute du mur Maria, mais des hommes en manteau noir sont intervenus avant qu’il ne puisse l’emmener. Rod les a fait épargner Historia à condition qu’elle vive une vie tranquille au loin sous le nom de « Christa Lenz ». Aujourd’hui, Rod s’en excuse et informe Historia qu’elle a du sang royal et qu’elle est la seule personne qui puisse sauver l’humanité.
Pendant ce temps, Erwin rencontre Pyxis et discute du renversement du gouvernement. À l’arrivée de Hange, ils informent Erwin de la lignée royale d’Historia, et il fait part à Pyxis de son projet de dénoncer le gouvernement fantoche et d’installer Historia comme nouvelle reine. À l’aube, Erwin est appelé à l’extérieur par la Première escouade de l’intérieur pour rendre compte du meurtre de Dimo Reeves. Il nomme Hange comme son successeur avant de partir et peu après, lui et le régiment du bataillon d’exploration sont placés en état d’arrestation.
Hitch Dreyse et Marlo Freudenberg sont arrêtés par l’escouade Levi et acceptent de les aider à contourner un poste de contrôle de la police militaire. Entre-temps, Hange Zoë sauve Flegel Reeves et, grâce à son aide, ils sont en mesure de dénoncer publiquement la dissimulation utilisée par l’escouade de l’intérieur pour accuser le régiment du bataillon d’exploration d’avoir assassiné Dimo Reeves.
Dans Capital Mitras, Gerald interroge Erwin Smith, mais n’apprend pas ce que sait le régiment du bataillon d’exploration. Nile Dawk arrive pour raconter à Erwin son audience avec le roi, et comment ils annonceront alors sa sentence. Erwin l’avertit qu’il a laissé quelque chose à Dot Pyxis et que lorsque cela arrivera, ce sera à Nile et « eux » de décider.
Erwin Smith défend la nécessité du bataillon d’exploration auprès du roi et des nobles assemblés. Sans le bataillon d’exploration pour lutter contre les Titans, l’humanité pourrait être confrontée à une guerre civile si les murs étaient à nouveau franchis, car il n’y aurait pas assez de nourriture pour nourrir les habitants du mur Sina et de mur Rose. Cependant, ses justifications tombent dans l’oreille d’un sourd et les nobles demandent son exécution.
Avant qu’Erwin ne puisse être emmené, Anka Rheinberger annonce que le mur Rose a été percée, forçant les nobles à affronter le scénario dont Erwin vient de parler. Bien que Dot Pyxis demande l’évacuation des civils du mur Rose, les nobles passent outre son ordre et exigent que les portes du mur Sina soient fermées. Nile Dawk refuse, et le Premier ministre Dhalis Zachary arrive à temps pour donner son accord. Alors que toutes les branches de l’armée se sont retournées contre le gouvernement royal, elles décrètent un coup d’État et la noblesse est arrêtée. Malgré leur succès, Erwin exprime des doutes quant à la nouvelle voie empruntée par l’humanité.
Eren Jaeger apprend l’histoire de la façon dont il a obtenu son Titan et comment, il y a cinq ans, son père, Grisha Jaeger, a massacré la plupart des membres de la famille Reiss pour obtenir leur pouvoir, qui était détenu par Frieda Reiss, la demi-sœur aînée d’Historia Reiss.
Pendant ce temps, les militaires apprennent que certaines lignées sont immunisées contre le « Cri » qui peut altérer la mémoire de l’humanité et que s’ils ne secourent pas Eren, ils risquent d’oublier rapidement que leur coup d’État a eu lieu. L’escouade Levi arrive à la chapelle rurale au-dessus de la chapelle souterraine où est détenu Eren. Ils se préparent à attaquer pendant que l’équique de Kenny les attend en bas.
Levi Ackermann, Hange Zoë et les membres de leur équipe se battent contre Kenny Ackermann son l’équipe dans les cavernes de cristal de la chapelle souterraine. Hange est grièvement blessé par Caven, mais dans l’ensemble, les éclaireurs réussissent suffisamment bien pour repousser leurs ennemis vers leur dernier poste de défense.
Pendant ce temps, Rod Reiss fait pression sur sa fille Historia pour qu’elle utilise une seringue pour se transformer en Titan afin qu’elle puisse manger Eren Jaeger et récupérer le Titan fondateur que son père avait volé à sa soeur Frieda. Cependant, Historia réalise qu’hériter du Titan Fondateur ne sauvera personne car même si sa soeur avait le pouvoir d’éradiquer tous les Titans, il y a quelque chose dans l’héritage du pouvoir qui empêche les gens de l’utiliser. Elle choisit de briser la seringue et travaille à la libération d’Eren, mais son père absorbe le fluide restant et se transforme en Titan.
Rod Reiss se transforme en un Titan si grand qu’il commence à détruire la caverne de la chapelle souterraine alors qu’il tente de se tenir debout. Historia Reiss refuse d’abandonner Eren Jaeger et de se mettre à l’abri, et l’escouade Levi arrive à temps pour aider à le libérer. Cependant, la taille et la chaleur émanant du Titan sont si importantes que la fuite semble presque impossible. Eren se vautre dans le désespoir, mais ses amis refusent d’abandonner, ce qui l’oblige à prendre un risque et à utiliser une bouteille étiquetée « Armor » qu’il repère au sol. L’ingestion de son contenu lui permet d’utiliser une nouvelle capacité de durcissement avec son Titan qui stabilise la caverne autour de ses amis afin qu’ils puissent survivre.
L’escouade Levi retrouve Erwin Smith et le reste du bataillon d’exploration à l’extérieur. Le Titan de Rod est deux fois plus grand que le Titan Colossal et ils ne peuvent pas le combattre de manière conventionnelle. Ils se précipitent dans le district d’Orvud où ils vont prendre position. Pendant ce temps, Levi Ackermann informe Historia qu’elle va devenir reine après cela pour assurer le succès de leur coup d’État. Elle accepte, à une condition.
La garnison du district d’Orvud prépare une défense contre la forme gargantuesque Titan de Rod Reiss, mais leurs canons sont inefficaces et le bataillon d’exploration prépare une stratégie de secours. Ils construisent un sac géant en corde et en filet, et le remplissent de barils de poudre à canon. Hange prépare également deux chariots chargés de poudre à canon et équipés de gâchettes tridimensionnelle pour les enrouler dans leurs cibles lorsqu’ils tirent.
Lorsque le Titan atteint le mur, il pose ses mains sur le dessus et se redresse, dispersant la garnison qui retombe. Son visage a été raclé par le sol alors qu’il se traînait. Les éclaireurs prennent en charge la défense du Mur et tirent sur les chariots chargés de poudre dans les mains du Titan, qui explose, lui faisant perdre sa prise. Le Titan s’affaisse par-dessus le Mur et Eren charge vers l’avant sous sa forme de Titan pour enfoncer le sac de poudre dans sa gueule béante. Le Titan explose et Historia Reiss découpe le morceau de chair du Titan qui contient la nuque, tuant ainsi son père. Elle atterrit dans la ville en contrebas au grand choc des citoyens des environs qui lui demandent si c’est elle qui les a sauvés. Historia se lève et se déclare la véritable souveraine des Murs.
Il y a des années, Kenny Ackermann a noué une amitié durable avec Uri Reiss, même si les circonstances auraient dû conduire à ce que l’un tue l’autre. En tant que confident d’Uri, Kenny est devenu membre du gouvernement, soulageant la persécution de la famille Ackermann et lui permettant de s’occuper du fils de sa soeur décédée, Kuchel. Bien que Kenny ait été pris par le sens de la compassion d’Uri, il s’est trouvé incapable de comprendre ce qui permettait à une personne d’être ainsi, ce qui l’a conduit à désirer ce pouvoir pour lui-même et à créer l’Escouade de Contrôle Anti-Personnel ( son équipe) pour l’obtenir.
Aujourd’hui mourant, suite à l’effondrement de la chapelle souterraine, Kenny raconte à un Levi curieux comment il est lié à sa mère et pourquoi il l’a finalement laissé derrière lui. Kenny donne à Levi une seringue qu’il a volée à Rod Reiss et il décède. Ailleurs dans la capitale Mitras, Historia Reiss est couronnée comme la nouvelle reine.
Deux mois se sont écoulés depuis le couronnement d’Historia Reiss. Elle a créé une ferme pour s’occuper des orphelins et des nécessiteux. L’armée a également été remaniée. Ils disposent désormais d’une nouvelle arme qui leur permet de tuer les Titans sans risquer la vie des soldats et de nouvelles recrues ont rejoint le bataillon d’exploration. A l’instigation de Jean Kirschtein, Eren Jaeger tente de se souvenir du soldat qui est apparu dans la mémoire de son père et réalise qu’il s’agit du commandant Keith Sadies du corps de cadets.
Eren, son escouade, Levi et Hange rendent visite à Keith et écoutent son histoire sur la façon dont il a découvert Grisha Jaeger en dehors du mur Maria il y a vingt ans. Les deux sont devenus amis, et Grisha a inspiré à Keith l’idée qu’il était spécial. Cependant, Keith a subi de nombreux échecs, tant dans sa vie personnelle qu’en tant qu’officier, et a réalisé qu’il n’était pas du tout spécial. Il était avec Grisha la nuit où le mur Maria est tombé, et a sorti Eren des bois après que Grisha l’y ait emmené. Keith espérait qu’Eren éviterait de devenir comme son père, mais même s’il a saboté le matériel d’entraînement d’Eren lorsqu’il était cadet, Eren n’a pas abandonné. Alors qu’Eren part aujourd’hui, Keith se rend compte qu’il ne pouvait rien changer.
Erwin Smith et les officiers du bataillon d’exploration se préparent à l’opération de reprise du mur Maria, soupçonnant que la vérité de leur monde se trouve dans le sous-sol de la famille Jaeger. Levi Ackermann tente de convaincre Erwin de rester derrière en raison du fait qu’il est maintenant handicapé par la perte de son bras, mais Erwin refuse.
La veille de l’opération, le bataillon d’exploration organisent une fête pour tous les soldats où ils reçoivent un repas rare contenant de la viande. Les soldats deviennent alors turbulents. Sasha Braus doit être maîtrisé et Eren Jaeger se bat avec Jean Kirschtein. Après que le combat ait été interrompu et qu’on ait dit aux soldats d’aller se coucher, Eren partage son optimisme renouvelé avec Armin Arlelt et Mikasa Ackermann. Le lendemain, au coucher du soleil, le bataillon d’exploration est envoyés du district de Trost par une foule en délire.
Le bataillon d’exploration arrive dans le district de Shiganshina et découvre qu’il est complètement dépourvu de Titans. Eren Jaeger réussit à boucher la porte extérieure qui mène à l’extérieur des murs, en utilisant la capacité de durcissement de son Titan et sans rencontrer de résistance ennemie.
Armin Arlelt découvre des signes de présence ennemie et conduit un groupe de soldats à la recherche de leur cachette. Ils découvrent Reiner Braun qui se cache à l’intérieur du Mur lui-même, mais Levi Ackermann est incapable de le tuer avant que Reiner ne se transforme en Titan cuirassé. A l’extérieur du quartier, le Titan Bestial apparaît avec une petite armée de Titans. Il lance un rocher dans la brèche de la porte intérieure du Mur, fermant ainsi la seule sortie terrestre restante du district et piégeant les chevaux du bataillon d’exploration du côté du Mur réservé aux Titans. Cela coupe le seul moyen d’évasion du bataillon d’exploration, le forçant à affronter les Titans.
Le titan bestial envoie ses petits Titans pour tuer les chevaux du régiment du bataillon, tandis que les grands Titans forment un demi-cercle devant le Mur pour couper la fuite du district de Shiganshina. Pour protéger les chevaux, Erwin Smith fait défendre la porte par la majorité des soldats et utilise Eren Jaeger comme appât pour attirer le Titan cuirassé de Reiner Braun.
Les soldats de la porte luttent contre les Titans en raison des pertes qu’ils ont subies ces derniers mois, mais à l’intérieur de Shiganshina, Eren donne aux soldat l’occasion d’utiliser leurs nouvelles armes Thunder Spear contre le Titan cuirassé. L’équipe de Hange et celle de levi réussissent à aveugler le Titan cuirassé et à détruire sa nuque.
Les Warriors se préparent à l’attaque du prochain régiment de soldats. Sur l’ordre de Zeke, Reiner Braun et Bertholdt Hoover mettent de côté leurs doutes pour se concentrer sur la tâche à accomplir. Reiner dit à Bertholdt qu’il devra être capable de penser par lui-même pour cette bataille au lieu d’attendre que Reiner lui fasse signe, et les deux s’accordent à dire que le moment est venu de tout régler une fois pour toutes.
Bien que le bataillon d’exploration parvienne plus tard à neutraliser Reiner en décapitant partiellement son corps humain alors qu’il est encore dans son Titan, il parvient à rugir, signalant au Titan Bestial de jeter le canon contenant Bertholdt dans le district de Shiganshina. Les éclaireurs se dispersent, mais Bertholdt ne se transforme pas immédiatement en Titan colossal après avoir vu l’étendue des blessures de Reiner. Il demande à Reiner de s’allonger sur le dos pour se protéger et affronte le bataillon seul. Armin Arlelt tente de faire parler Bertholdt, mais ce dernier refuse et admet qu’il n’a accepté de parler que pour tester sa propre résolution et sa volonté de les combattre. Après que Mikasa Ackermann ait échoué à le tuer, Bertholdt part et utilise son équipement tridimensionnelle pour monter haut dans les airs où il se transforme en Titan Colossal.
Le bataillon d’exploration se bat sur deux fronts. Dans le district de Shiganshina, Jean Kirschtein remplace Armin Arlelt à la tête de l’équipe levi pour tenter d’arrêter le Titan colossal. Cependant, le Titan d’Eren Jaeger est facilement repoussé et Mikasa Ackermann ne parvient pas à porter un coup, même en utilisant les nouvelles lances du tonnerre.
De l’autre côté du Mur, le bataillon est dévasté par le bombardement de rochers du Titan bestial, laissant Erwin Smith, Levi Ackermann et les nouvelles recrues comme seuls survivants. Réalisant qu’ils risquent de mourir, quoi qu’il arrive, Erwin mise tout sur une opération finale. Il mène toutes les recrues sur une charge suicide de leurre vers le Titan bestial, afin que Levi puisse s’approcher sans être détecté et le tuer.
Zeke achève le reste des recrues du bataillon d’exploration et les plaint d’avoir gâché leur vie. Cependant, il est surpris par Levi Ackermann, dont l’arrivée a été cachée par la charge de diversion des soldats. Levi bat à plate couture le titan bestial de Zeke, mais avant qu’il ne puisse utiliser une injection de Titan pour donner Zeke à un soldat survivant, le Titan charrette attaque Levi et s’enfuit avec Zeke. Zeke envoie les Titans qui lui restent pour achever Levi.
Pendant ce temps, Armin Arlelt divise son équipe en deux. La plupart des membres de l’équipe partent pour tenir le Titan cuirassé à distance et réussissent, grâce à la réapparition opportune de Hange Zoë. Armin réveille Eren Jaeger qui est comateux dans son Titan, et relaie un plan qui leur permettra de vaincre le Titan Colossal de Bertholdt Hoover. Eren tombe du mur et fait semblant d’être inconscient tandis qu’Armin distrait Bertholdt et l’incite à utiliser toute son énergie pour le brûler vif. Lorsqu’Armin s’effondre finalement, Bertholdt s’occupe d’Eren, mais découvre qu’Eren a secrètement utilisé ses pouvoirs de durcissement pour boucher le dernier trou dans le Mur. Eren tend une embuscade à Bertholdt par derrière avec l’équipement tridimensionnelle, et le coupe de la nuque de son Titan, mettant ainsi fin à la bataille.
Zeke dit à Eren Jaeger qu’il reviendra un jour pour le sauver. Eren réalise alors que Zeke ressemble beaucoup à son père, Grisha. Levi Ackermann arrive pour poursuivre Zeke avec les armes restantes d’Eren, quand Eren réalise soudainement qu’Armin Arlelt respire. Eren demande à Levi l’injection de Titan afin qu’ils puissent sauver Armin en lui faisant manger Bertholdt paralysé. Cependant, Floch arrive avec un Erwin Smith mourant et demande que l’injection soit utilisée sur Erwin.
Après avoir perdu Reiner Braun au profit du Titan charrette, Hange Zoë et le reste de l’escouade Levi arrivent pour trouver Eren et Mikasa Ackermann qui luttent avec Levi pour l’injection, soit avec des mots, soit par la force. Hange parvient finalement à faire taire Mikasa et Levi fait évacuer tout le monde pour qu’il puisse utiliser l’injection sur Erwin. Cependant, lorsque Erwin commence à murmurer un souvenir d’enfance, Levi décide qu’il serait plus gentil de le laisser partir. Il donne l’injection à Armin qui mange Bertholdt et sort de son Titan alors que ses amis se rassemblent.
Armin Arlelt se rend compte à contrecœur qu’il a mangé Bertholdt Hoover et qu’il a été choisi pour survivre plutôt qu’Erwin Smith. La moitié des soldats restants, dont Eren Jaeger, se rendent dans le sous-sol de sa famille où ils découvrent trois journaux intimes et une photographie laissée par son père.
Les journaux décrivent en détail la vie de Grisha au-delà des murs, où l’humanité n’a pas péri et où la technologie a suffisamment progressé pour permettre aux humains de mener une vie élégante. Il a appris la vérité sur sa propre situation un jour où il est allé voir un dirigeable avec sa sœur Fay.
Grisha Jaeger accepte une raclée de Kruger pour lui-même et au nom de sa sœur pour être sorti de la zone d’internement de Liberio sans autorisation. Gross l’escorte soi-disant chez elle, mais son corps est retrouvé dans la rivière. La rage de Grisha est alimentée lorsqu’il voit avec quelle humilité son père accepte le mensonge que lui a donné l’officier de la sécurité publique de Marley.
Adulte, Grisha rejoint les Restaurateurs, où il rencontre sa future épouse. Dina Fritz. Ensemble, ils ont un fils, Zeke, qu’ils projettent de transformer en guerrier afin d’infiltrer la mission de Marley pour récupérer le Titan Fondateur. Cependant, ils sont trahis par Zeke et sont envoyés sur l’île de Paradis où ils seront transformés en Titans. Bien que Dina soit transformée, Grisha est sauvée au dernier moment par Kruger, qui se révèle être le Hibou, le chef secret des Restaurateurs. Kruger dit à Grisha de regarder comment il utilise un couteau pour se couper et se transformer en Titan.
Grisha Jaeger est rongé par le regret de la perte de sa famille et de sa cause, mais Eren Kruger le convainc de reprendre sa mission et de reprendre le Titan fondateur au roi qui refuse de l’utiliser pour sauver le peuple eldien. Pour ce faire, Kruger transmet son Titan à Grisha, qu’il appelle le Titan assaillant.
Aujourd’hui, Eren Jaeger se rend compte qu’en raison de la « Malédiction d’Ymir », il lui reste moins de huit ans à vivre, et Armin Arlelt en a treize, puisqu’il vient d’hériter du Titan Colossal. Ils assistent à une audience militaire pour examiner les découvertes dans le sous-sol et Hange Zoë dit qu’ils devront peut-être considérer le reste du monde comme leurs ennemis, car les gens à l’extérieur des murs craignent les sujets d’Ymir. Lorsque Hange discute du fait qu’Eren a pu utiliser le Titan Fondateur bien qu’il ne soit pas de sang royal, il réalise qu’il n’a pu le faire que parce qu’il avait touché la forme Titan de Dina Fritz à l’époque. Il garde cette information pour lui par crainte de ce que les militaires pourraient faire à Historia Reiss s’ils savaient.
Le gouvernement royal décide de divulguer les informations contenues dans les journaux de Grisha Jaeger au grand public, ce qui provoque un certain chaos alors que les gens essaient d’accepter la nouvelle. Certains ne l’acceptent pas. Cependant, la tuerie des Titans avec le Bourreau de l’enfer continue jusqu’à ce qu’il n’en reste presque plus et que les réfugiés soient autorisés à se réinstaller au mur Maria.
Un an après l’attaque du district de Trost et six ans après la chute du mur Maria, le bataillon d’exploration peut lancer une expédition au-delà du mur Maria pour explorer les terres à l’extérieur. Ils voient le mur où les restaurateurs ont été transformés en Titans, et arrivent finalement à la mer ; une masse d’eau salée si vaste qu’elle s’étend à l’horizon. La plupart des soldats sont heureux de jouer dans le ressac, mais Eren Jaeger est pensif, sachant que ce spectacle – qu’il désirait tant et qu’il a idéalisé comme symbole de liberté – n’offre en réalité aucune liberté, mais que l’autre côté de la mer est là où se trouvent leurs véritables ennemis.
